src/test/bench/shootout-reverse-complement.rs

   1 // Copyright 2013-2014 The Rust Project Developers. See the COPYRIGHT
   2 // file at the top-level directory of this distribution and at
   3 // http://rust-lang.org/COPYRIGHT.
   4 //
   5 // Licensed under the Apache License, Version 2.0 <LICENSE-APACHE or
   6 // http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0> or the MIT license
   7 // <LICENSE-MIT or http://opensource.org/licenses/MIT>, at your
   8 // option. This file may not be copied, modified, or distributed
   9 // except according to those terms.
  10
  11 // ignore-pretty very bad with line comments
  12 // ignore-android doesn't terminate?
  13
  14 use std::iter::range_step;
  15 use std::io::{stdin, stdout, File};
  16
  17 static LINE_LEN: uint = 60;
  18
  19 fn make_complements() -> [u8, ..256] {
  20     let transforms = [
  21         ('A', 'T'), ('C', 'G'), ('G', 'C'), ('T', 'A'),
  22         ('U', 'A'), ('M', 'K'), ('R', 'Y'), ('W', 'W'),
  23         ('S', 'S'), ('Y', 'R'), ('K', 'M'), ('V', 'B'),
  24         ('H', 'D'), ('D', 'H'), ('B', 'V'), ('N', 'N'),
  25         ('\n', '\n')];
  26     let mut complements: [u8, ..256] = [0, ..256];
  27     for (i, c) in complements.mut_iter().enumerate() {
  28         *c = i as u8;
  29     }
  30     let lower = 'A' as u8 - 'a' as u8;
  31     for &(from, to) in transforms.iter() {
  32         complements[from as uint] = to as u8;
  33         complements[(from as u8 - lower) as uint] = to as u8;
  34     }
  35     complements
  36 }
  37
  38 fn main() {
  39     let complements = make_complements();
  40     let data = if std::os::getenv("RUST_BENCH").is_some() {
  41         File::open(&Path::new("shootout-k-nucleotide.data")).read_to_end()
  42     } else {
  43         stdin().read_to_end()
  44     };
  45     let mut data = data.unwrap();
  46
  47     for seq in data.as_mut_slice().mut_split(|c| *c == '>' as u8) {
  48         // skip header and last \n
  49         let begin = match seq.iter().position(|c| *c == '\n' as u8) {
  50             None => continue,
  51             Some(c) => c
  52         };
  53         let len = seq.len();
  54         let seq = seq.mut_slice(begin + 1, len - 1);
  55
  56         // arrange line breaks
  57         let len = seq.len();
  58         let off = LINE_LEN - len % (LINE_LEN + 1);
  59         for i in range_step(LINE_LEN, len, LINE_LEN + 1) {
  60             for j in std::iter::count(i, -1).take(off) {
  61                 seq[j] = seq[j - 1];
  62             }
  63             seq[i - off] = '\n' as u8;
  64         }
  65
  66         // reverse complement, as
  67         //    seq.reverse(); for c in seq.mut_iter() {*c = complements[*c]}
  68         // but faster:
  69         let mut it = seq.mut_iter();
  70         loop {
  71             match (it.next(), it.next_back()) {
  72                 (Some(front), Some(back)) => {
  73                     let tmp = complements[*front as uint];
  74                     *front = complements[*back as uint];
  75                     *back = tmp;
  76                 }
  77                 (Some(last), None) => *last = complements[*last as uint], // last element
  78                 _ => break // vector exhausted.
  79             }
  80         }
  81     }
  82
  83     stdout().write(data.as_slice()).unwrap();
  84 }