src/test/bench/shootout-reverse-complement.rs

   1 // The Computer Language Benchmarks Game
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   5
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  39 // OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
  40
  41 // ignore-pretty very bad with line comments
  42 // ignore-android doesn't terminate?
  43
  44 use std::iter::range_step;
  45 use std::io::{stdin, stdout, File};
  46
  47 static LINE_LEN: uint = 60;
  48
  49 fn make_complements() -> [u8, ..256] {
  50     let transforms = [
  51         ('A', 'T'), ('C', 'G'), ('G', 'C'), ('T', 'A'),
  52         ('U', 'A'), ('M', 'K'), ('R', 'Y'), ('W', 'W'),
  53         ('S', 'S'), ('Y', 'R'), ('K', 'M'), ('V', 'B'),
  54         ('H', 'D'), ('D', 'H'), ('B', 'V'), ('N', 'N'),
  55         ('\n', '\n')];
  56     let mut complements: [u8, ..256] = [0, ..256];
  57     for (i, c) in complements.mut_iter().enumerate() {
  58         *c = i as u8;
  59     }
  60     let lower = 'A' as u8 - 'a' as u8;
  61     for &(from, to) in transforms.iter() {
  62         complements[from as uint] = to as u8;
  63         complements[(from as u8 - lower) as uint] = to as u8;
  64     }
  65     complements
  66 }
  67
  68 fn main() {
  69     let complements = make_complements();
  70     let data = if std::os::getenv("RUST_BENCH").is_some() {
  71         File::open(&Path::new("shootout-k-nucleotide.data")).read_to_end()
  72     } else {
  73         stdin().read_to_end()
  74     };
  75     let mut data = data.unwrap();
  76
  77     for seq in data.as_mut_slice().mut_split(|c| *c == '>' as u8) {
  78         // skip header and last \n
  79         let begin = match seq.iter().position(|c| *c == '\n' as u8) {
  80             None => continue,
  81             Some(c) => c
  82         };
  83         let len = seq.len();
  84         let seq = seq.mut_slice(begin + 1, len - 1);
  85
  86         // arrange line breaks
  87         let len = seq.len();
  88         let off = LINE_LEN - len % (LINE_LEN + 1);
  89         for i in range_step(LINE_LEN, len, LINE_LEN + 1) {
  90             for j in std::iter::count(i, -1).take(off) {
  91                 seq[j] = seq[j - 1];
  92             }
  93             seq[i - off] = '\n' as u8;
  94         }
  95
  96         // reverse complement, as
  97         //    seq.reverse(); for c in seq.mut_iter() {*c = complements[*c]}
  98         // but faster:
  99         let mut it = seq.mut_iter();
 100         loop {
 101             match (it.next(), it.next_back()) {
 102                 (Some(front), Some(back)) => {
 103                     let tmp = complements[*front as uint];
 104                     *front = complements[*back as uint];
 105                     *back = tmp;
 106                 }
 107                 (Some(last), None) => *last = complements[*last as uint], // last element
 108                 _ => break // vector exhausted.
 109             }
 110         }
 111     }
 112
 113     stdout().write(data.as_slice()).unwrap();
 114 }