src/test/bench/shootout-regex-dna.rs

   1 // The Computer Language Benchmarks Game
   2 // http://benchmarksgame.alioth.debian.org/
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   4 // contributed by the Rust Project Developers
   5
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  39 // OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
  40
  41 // ignore-stage1
  42 // ignore-cross-compile #12102
  43
  44 #![feature(macro_rules, phase, slicing_syntax)]
  45
  46 extern crate regex;
  47
  48 use std::io;
  49 use regex::{NoExpand, Regex};
  50 use std::sync::{Arc, Future};
  51
  52 macro_rules! regex {
  53     ($e:expr) => (Regex::new($e).unwrap())
  54 }
  55
  56 fn count_matches(seq: &str, variant: &Regex) -> int {
  57     let mut n = 0;
  58     for _ in variant.find_iter(seq) {
  59         n += 1;
  60     }
  61     n
  62 }
  63
  64 fn main() {
  65     let mut rdr = if std::os::getenv("RUST_BENCH").is_some() {
  66         let fd = io::File::open(&Path::new("shootout-k-nucleotide.data"));
  67         box io::BufferedReader::new(fd) as Box<io::Reader>
  68     } else {
  69         box io::stdin() as Box<io::Reader>
  70     };
  71     let mut seq = rdr.read_to_string().unwrap();
  72     let ilen = seq.len();
  73
  74     seq = regex!(">[^\n]*\n|\n").replace_all(seq.as_slice(), NoExpand(""));
  75     let seq_arc = Arc::new(seq.clone()); // copy before it moves
  76     let clen = seq.len();
  77
  78     let mut seqlen = Future::spawn(move|| {
  79         let substs = vec![
  80             (regex!("B"), "(c|g|t)"),
  81             (regex!("D"), "(a|g|t)"),
  82             (regex!("H"), "(a|c|t)"),
  83             (regex!("K"), "(g|t)"),
  84             (regex!("M"), "(a|c)"),
  85             (regex!("N"), "(a|c|g|t)"),
  86             (regex!("R"), "(a|g)"),
  87             (regex!("S"), "(c|g)"),
  88             (regex!("V"), "(a|c|g)"),
  89             (regex!("W"), "(a|t)"),
  90             (regex!("Y"), "(c|t)"),
  91         ];
  92         let mut seq = seq;
  93         for (re, replacement) in substs.into_iter() {
  94             seq = re.replace_all(seq.as_slice(), NoExpand(replacement));
  95         }
  96         seq.len()
  97     });
  98
  99     let variants = vec![
 100         regex!("agggtaaa|tttaccct"),
 101         regex!("[cgt]gggtaaa|tttaccc[acg]"),
 102         regex!("a[act]ggtaaa|tttacc[agt]t"),
 103         regex!("ag[act]gtaaa|tttac[agt]ct"),
 104         regex!("agg[act]taaa|ttta[agt]cct"),
 105         regex!("aggg[acg]aaa|ttt[cgt]ccct"),
 106         regex!("agggt[cgt]aa|tt[acg]accct"),
 107         regex!("agggta[cgt]a|t[acg]taccct"),
 108         regex!("agggtaa[cgt]|[acg]ttaccct"),
 109     ];
 110     let (mut variant_strs, mut counts) = (vec!(), vec!());
 111     for variant in variants.into_iter() {
 112         let seq_arc_copy = seq_arc.clone();
 113         variant_strs.push(variant.to_string());
 114         counts.push(Future::spawn(move|| {
 115             count_matches(seq_arc_copy.as_slice(), &variant)
 116         }));
 117     }
 118
 119     for (i, variant) in variant_strs.iter().enumerate() {
 120         println!("{} {}", variant, counts[i].get());
 121     }
 122     println!("");
 123     println!("{}", ilen);
 124     println!("{}", clen);
 125     println!("{}", seqlen.get());
 126 }