src/test/bench/shootout-regex-dna.rs

   1 // The Computer Language Benchmarks Game
   2 // http://benchmarksgame.alioth.debian.org/
   3 //
   4 // contributed by the Rust Project Developers
   5
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  38 // ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE OF THIS SOFTWARE, EVEN IF ADVISED
  39 // OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
  40
  41 // ignore-stage1
  42 // ignore-cross-compile #12102
  43
  44 #![feature(macro_rules, phase)]
  45
  46 extern crate regex;
  47 #[phase(plugin)]extern crate regex_macros;
  48
  49 use std::io;
  50 use regex::{NoExpand, Regex};
  51 use std::sync::{Arc, Future};
  52
  53 fn count_matches(seq: &str, variant: &Regex) -> int {
  54     let mut n = 0;
  55     for _ in variant.find_iter(seq) {
  56         n += 1;
  57     }
  58     n
  59 }
  60
  61 fn main() {
  62     let mut rdr = if std::os::getenv("RUST_BENCH").is_some() {
  63         let fd = io::File::open(&Path::new("shootout-k-nucleotide.data"));
  64         box io::BufferedReader::new(fd) as Box<io::Reader>
  65     } else {
  66         box io::stdin() as Box<io::Reader>
  67     };
  68     let mut seq = rdr.read_to_string().unwrap();
  69     let ilen = seq.len();
  70
  71     seq = regex!(">[^\n]*\n|\n").replace_all(seq.as_slice(), NoExpand(""));
  72     let seq_arc = Arc::new(seq.clone()); // copy before it moves
  73     let clen = seq.len();
  74
  75     let mut seqlen = Future::spawn(proc() {
  76         let substs = vec![
  77             (regex!("B"), "(c|g|t)"),
  78             (regex!("D"), "(a|g|t)"),
  79             (regex!("H"), "(a|c|t)"),
  80             (regex!("K"), "(g|t)"),
  81             (regex!("M"), "(a|c)"),
  82             (regex!("N"), "(a|c|g|t)"),
  83             (regex!("R"), "(a|g)"),
  84             (regex!("S"), "(c|g)"),
  85             (regex!("V"), "(a|c|g)"),
  86             (regex!("W"), "(a|t)"),
  87             (regex!("Y"), "(c|t)"),
  88         ];
  89         let mut seq = seq;
  90         for (re, replacement) in substs.into_iter() {
  91             seq = re.replace_all(seq.as_slice(), NoExpand(replacement));
  92         }
  93         seq.len()
  94     });
  95
  96     let variants = vec![
  97         regex!("agggtaaa|tttaccct"),
  98         regex!("[cgt]gggtaaa|tttaccc[acg]"),
  99         regex!("a[act]ggtaaa|tttacc[agt]t"),
 100         regex!("ag[act]gtaaa|tttac[agt]ct"),
 101         regex!("agg[act]taaa|ttta[agt]cct"),
 102         regex!("aggg[acg]aaa|ttt[cgt]ccct"),
 103         regex!("agggt[cgt]aa|tt[acg]accct"),
 104         regex!("agggta[cgt]a|t[acg]taccct"),
 105         regex!("agggtaa[cgt]|[acg]ttaccct"),
 106     ];
 107     let (mut variant_strs, mut counts) = (vec!(), vec!());
 108     for variant in variants.into_iter() {
 109         let seq_arc_copy = seq_arc.clone();
 110         variant_strs.push(variant.to_string());
 111         counts.push(Future::spawn(proc() {
 112             count_matches(seq_arc_copy.as_slice(), &variant)
 113         }));
 114     }
 115
 116     for (i, variant) in variant_strs.iter().enumerate() {
 117         println!("{} {}", variant, counts.get_mut(i).get());
 118     }
 119     println!("");
 120     println!("{}", ilen);
 121     println!("{}", clen);
 122     println!("{}", seqlen.get());
 123 }