src/test/bench/shootout-fasta.rs

   1 // The Computer Language Benchmarks Game
   2 // http://benchmarksgame.alioth.debian.org/
   3 //
   4 // contributed by the Rust Project Developers
   5
   6 // Copyright (c) 2012-2014 The Rust Project Developers
   7 //
   8 // All rights reserved.
   9 //
  10 // Redistribution and use in source and binary forms, with or without
  11 // modification, are permitted provided that the following conditions
  12 // are met:
  13 //
  14 // - Redistributions of source code must retain the above copyright
  15 //   notice, this list of conditions and the following disclaimer.
  16 //
  17 // - Redistributions in binary form must reproduce the above copyright
  18 //   notice, this list of conditions and the following disclaimer in
  19 //   the documentation and/or other materials provided with the
  20 //   distribution.
  21 //
  22 // - Neither the name of "The Computer Language Benchmarks Game" nor
  23 //   the name of "The Computer Language Shootout Benchmarks" nor the
  24 //   names of its contributors may be used to endorse or promote
  25 //   products derived from this software without specific prior
  26 //   written permission.
  27 //
  28 // THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY THE COPYRIGHT HOLDERS AND CONTRIBUTORS
  29 // "AS IS" AND ANY EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT
  30 // LIMITED TO, THE IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS
  31 // FOR A PARTICULAR PURPOSE ARE DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL THE
  32 // COPYRIGHT OWNER OR CONTRIBUTORS BE LIABLE FOR ANY DIRECT, INDIRECT,
  33 // INCIDENTAL, SPECIAL, EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL DAMAGES
  34 // (INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR
  35 // SERVICES; LOSS OF USE, DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS INTERRUPTION)
  36 // HOWEVER CAUSED AND ON ANY THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT,
  37 // STRICT LIABILITY, OR TORT (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE)
  38 // ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE OF THIS SOFTWARE, EVEN IF ADVISED
  39 // OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
  40
  41 use std::io;
  42 use std::io::{BufferedWriter, File};
  43 use std::cmp::min;
  44 use std::os;
  45
  46 static LINE_LENGTH: uint = 60;
  47 static IM: u32 = 139968;
  48
  49 struct MyRandom {
  50     last: u32
  51 }
  52 impl MyRandom {
  53     fn new() -> MyRandom { MyRandom { last: 42 } }
  54     fn normalize(p: f32) -> u32 {(p * IM as f32).floor() as u32}
  55     fn gen(&mut self) -> u32 {
  56         self.last = (self.last * 3877 + 29573) % IM;
  57         self.last
  58     }
  59 }
  60
  61 struct AAGen<'a> {
  62     rng: &'a mut MyRandom,
  63     data: Vec<(u32, u8)>
  64 }
  65 impl<'a> AAGen<'a> {
  66     fn new<'b>(rng: &'b mut MyRandom, aa: &[(char, f32)]) -> AAGen<'b> {
  67         let mut cum = 0.;
  68         let data = aa.iter()
  69             .map(|&(ch, p)| { cum += p; (MyRandom::normalize(cum), ch as u8) })
  70             .collect();
  71         AAGen { rng: rng, data: data }
  72     }
  73 }
  74 impl<'a> Iterator<u8> for AAGen<'a> {
  75     fn next(&mut self) -> Option<u8> {
  76         let r = self.rng.gen();
  77         self.data.iter()
  78             .skip_while(|pc| pc.val0() < r)
  79             .map(|&(_, c)| c)
  80             .next()
  81     }
  82 }
  83
  84 fn make_fasta<W: Writer, I: Iterator<u8>>(
  85     wr: &mut W, header: &str, mut it: I, mut n: uint)
  86 {
  87     wr.write(header.as_bytes());
  88     let mut line = [0u8, .. LINE_LENGTH + 1];
  89     while n > 0 {
  90         let nb = min(LINE_LENGTH, n);
  91         for i in range(0, nb) {
  92             line[i] = it.next().unwrap();
  93         }
  94         n -= nb;
  95         line[nb] = '\n' as u8;
  96         wr.write(line.slice_to(nb + 1));
  97     }
  98 }
  99
 100 fn run<W: Writer>(writer: &mut W) {
 101     let args = os::args();
 102     let args = args.as_slice();
 103     let n = if os::getenv("RUST_BENCH").is_some() {
 104         25000000
 105     } else if args.len() <= 1u {
 106         1000
 107     } else {
 108         from_str(args[1].as_slice()).unwrap()
 109     };
 110
 111     let rng = &mut MyRandom::new();
 112     let alu =
 113         "GGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGG\
 114         GAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGA\
 115         CCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAAT\
 116         ACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCA\
 117         GCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGG\
 118         AGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCC\
 119         AGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAA";
 120     let iub = &[('a', 0.27), ('c', 0.12), ('g', 0.12),
 121                 ('t', 0.27), ('B', 0.02), ('D', 0.02),
 122                 ('H', 0.02), ('K', 0.02), ('M', 0.02),
 123                 ('N', 0.02), ('R', 0.02), ('S', 0.02),
 124                 ('V', 0.02), ('W', 0.02), ('Y', 0.02)];
 125     let homosapiens = &[('a', 0.3029549426680),
 126                         ('c', 0.1979883004921),
 127                         ('g', 0.1975473066391),
 128                         ('t', 0.3015094502008)];
 129
 130     make_fasta(writer, ">ONE Homo sapiens alu\n",
 131                alu.as_bytes().iter().cycle().map(|c| *c), n * 2);
 132     make_fasta(writer, ">TWO IUB ambiguity codes\n",
 133                AAGen::new(rng, iub), n * 3);
 134     make_fasta(writer, ">THREE Homo sapiens frequency\n",
 135                AAGen::new(rng, homosapiens), n * 5);
 136
 137     writer.flush();
 138 }
 139
 140 fn main() {
 141     if os::getenv("RUST_BENCH").is_some() {
 142         let mut file = BufferedWriter::new(File::create(&Path::new("./shootout-fasta.data")));
 143         run(&mut file);
 144     } else {
 145         run(&mut io::stdout());
 146     }
 147 }