src/test/bench/shootout-fasta.rs

   1 // The Computer Language Benchmarks Game
   2 // http://benchmarksgame.alioth.debian.org/
   3 //
   4 // contributed by the Rust Project Developers
   5
   6 // Copyright (c) 2012-2014 The Rust Project Developers
   7 //
   8 // All rights reserved.
   9 //
  10 // Redistribution and use in source and binary forms, with or without
  11 // modification, are permitted provided that the following conditions
  12 // are met:
  13 //
  14 // - Redistributions of source code must retain the above copyright
  15 //   notice, this list of conditions and the following disclaimer.
  16 //
  17 // - Redistributions in binary form must reproduce the above copyright
  18 //   notice, this list of conditions and the following disclaimer in
  19 //   the documentation and/or other materials provided with the
  20 //   distribution.
  21 //
  22 // - Neither the name of "The Computer Language Benchmarks Game" nor
  23 //   the name of "The Computer Language Shootout Benchmarks" nor the
  24 //   names of its contributors may be used to endorse or promote
  25 //   products derived from this software without specific prior
  26 //   written permission.
  27 //
  28 // THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY THE COPYRIGHT HOLDERS AND CONTRIBUTORS
  29 // "AS IS" AND ANY EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT
  30 // LIMITED TO, THE IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS
  31 // FOR A PARTICULAR PURPOSE ARE DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL THE
  32 // COPYRIGHT OWNER OR CONTRIBUTORS BE LIABLE FOR ANY DIRECT, INDIRECT,
  33 // INCIDENTAL, SPECIAL, EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL DAMAGES
  34 // (INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR
  35 // SERVICES; LOSS OF USE, DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS INTERRUPTION)
  36 // HOWEVER CAUSED AND ON ANY THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT,
  37 // STRICT LIABILITY, OR TORT (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE)
  38 // ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE OF THIS SOFTWARE, EVEN IF ADVISED
  39 // OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
  40
  41 use std::cmp::min;
  42 use std::io::{BufferedWriter, File};
  43 use std::io;
  44 use std::num::Float;
  45 use std::os;
  46
  47 const LINE_LENGTH: uint = 60;
  48 const IM: u32 = 139968;
  49
  50 struct MyRandom {
  51     last: u32
  52 }
  53 impl MyRandom {
  54     fn new() -> MyRandom { MyRandom { last: 42 } }
  55     fn normalize(p: f32) -> u32 {(p * IM as f32).floor() as u32}
  56     fn gen(&mut self) -> u32 {
  57         self.last = (self.last * 3877 + 29573) % IM;
  58         self.last
  59     }
  60 }
  61
  62 struct AAGen<'a> {
  63     rng: &'a mut MyRandom,
  64     data: Vec<(u32, u8)>
  65 }
  66 impl<'a> AAGen<'a> {
  67     fn new<'b>(rng: &'b mut MyRandom, aa: &[(char, f32)]) -> AAGen<'b> {
  68         let mut cum = 0.;
  69         let data = aa.iter()
  70             .map(|&(ch, p)| { cum += p; (MyRandom::normalize(cum), ch as u8) })
  71             .collect();
  72         AAGen { rng: rng, data: data }
  73     }
  74 }
  75 impl<'a> Iterator for AAGen<'a> {
  76     type Item = u8;
  77
  78     fn next(&mut self) -> Option<u8> {
  79         let r = self.rng.gen();
  80         self.data.iter()
  81             .skip_while(|pc| pc.0 < r)
  82             .map(|&(_, c)| c)
  83             .next()
  84     }
  85 }
  86
  87 fn make_fasta<W: Writer, I: Iterator<Item=u8>>(
  88     wr: &mut W, header: &str, mut it: I, mut n: uint)
  89     -> std::io::IoResult<()>
  90 {
  91     try!(wr.write(header.as_bytes()));
  92     let mut line = [0u8; LINE_LENGTH + 1];
  93     while n > 0 {
  94         let nb = min(LINE_LENGTH, n);
  95         for i in range(0, nb) {
  96             line[i] = it.next().unwrap();
  97         }
  98         n -= nb;
  99         line[nb] = '\n' as u8;
 100         try!(wr.write(&line[..(nb+1)]));
 101     }
 102     Ok(())
 103 }
 104
 105 fn run<W: Writer>(writer: &mut W) -> std::io::IoResult<()> {
 106     let args = os::args();
 107     let args = args.as_slice();
 108     let n = if os::getenv("RUST_BENCH").is_some() {
 109         25000000
 110     } else if args.len() <= 1u {
 111         1000
 112     } else {
 113         args[1].parse().unwrap()
 114     };
 115
 116     let rng = &mut MyRandom::new();
 117     let alu =
 118         "GGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGG\
 119         GAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGA\
 120         CCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAAT\
 121         ACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCA\
 122         GCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGG\
 123         AGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCC\
 124         AGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAA";
 125     let iub = &[('a', 0.27), ('c', 0.12), ('g', 0.12),
 126                 ('t', 0.27), ('B', 0.02), ('D', 0.02),
 127                 ('H', 0.02), ('K', 0.02), ('M', 0.02),
 128                 ('N', 0.02), ('R', 0.02), ('S', 0.02),
 129                 ('V', 0.02), ('W', 0.02), ('Y', 0.02)];
 130     let homosapiens = &[('a', 0.3029549426680),
 131                         ('c', 0.1979883004921),
 132                         ('g', 0.1975473066391),
 133                         ('t', 0.3015094502008)];
 134
 135     try!(make_fasta(writer, ">ONE Homo sapiens alu\n",
 136                     alu.as_bytes().iter().cycle().map(|c| *c), n * 2));
 137     try!(make_fasta(writer, ">TWO IUB ambiguity codes\n",
 138                     AAGen::new(rng, iub), n * 3));
 139     try!(make_fasta(writer, ">THREE Homo sapiens frequency\n",
 140                     AAGen::new(rng, homosapiens), n * 5));
 141
 142     writer.flush()
 143 }
 144
 145 fn main() {
 146     let res = if os::getenv("RUST_BENCH").is_some() {
 147         let mut file = BufferedWriter::new(File::create(&Path::new("./shootout-fasta.data")));
 148         run(&mut file)
 149     } else {
 150         run(&mut io::stdout())
 151     };
 152     res.unwrap()
 153 }