src/test/bench/shootout-fasta.rs

   1 // Copyright 2012-2013 The Rust Project Developers. See the COPYRIGHT
   2 // file at the top-level directory of this distribution and at
   3 // http://rust-lang.org/COPYRIGHT.
   4 //
   5 // Licensed under the Apache License, Version 2.0 <LICENSE-APACHE or
   6 // http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0> or the MIT license
   7 // <LICENSE-MIT or http://opensource.org/licenses/MIT>, at your
   8 // option. This file may not be copied, modified, or distributed
   9 // except according to those terms.
  10
  11 /* -*- mode: rust; indent-tabs-mode: nil -*-
  12  * Implementation of 'fasta' benchmark from
  13  * Computer Language Benchmarks Game
  14  * http://shootout.alioth.debian.org/
  15  */
  16
  17 use std::io;
  18 use std::io::{BufferedWriter, File};
  19 use std::cmp::min;
  20 use std::os;
  21 use std::vec_ng::Vec;
  22
  23 static LINE_LENGTH: uint = 60;
  24 static IM: u32 = 139968;
  25
  26 struct MyRandom {
  27     last: u32
  28 }
  29 impl MyRandom {
  30     fn new() -> MyRandom { MyRandom { last: 42 } }
  31     fn normalize(p: f32) -> u32 {(p * IM as f32).floor() as u32}
  32     fn gen(&mut self) -> u32 {
  33         self.last = (self.last * 3877 + 29573) % IM;
  34         self.last
  35     }
  36 }
  37
  38 struct AAGen<'a> {
  39     rng: &'a mut MyRandom,
  40     data: Vec<(u32, u8)> }
  41 impl<'a> AAGen<'a> {
  42     fn new<'b>(rng: &'b mut MyRandom, aa: &[(char, f32)]) -> AAGen<'b> {
  43         let mut cum = 0.;
  44         let data = aa.iter()
  45             .map(|&(ch, p)| { cum += p; (MyRandom::normalize(cum), ch as u8) })
  46             .collect();
  47         AAGen { rng: rng, data: data }
  48     }
  49 }
  50 impl<'a> Iterator<u8> for AAGen<'a> {
  51     fn next(&mut self) -> Option<u8> {
  52         let r = self.rng.gen();
  53         self.data.iter()
  54             .skip_while(|pc| pc.val0() < r)
  55             .map(|&(_, c)| c)
  56             .next()
  57     }
  58 }
  59
  60 fn make_fasta<W: Writer, I: Iterator<u8>>(
  61     wr: &mut W, header: &str, mut it: I, mut n: uint)
  62 {
  63     wr.write(header.as_bytes());
  64     let mut line = [0u8, .. LINE_LENGTH + 1];
  65     while n > 0 {
  66         let nb = min(LINE_LENGTH, n);
  67         for i in range(0, nb) {
  68             line[i] = it.next().unwrap();
  69         }
  70         n -= nb;
  71         line[nb] = '\n' as u8;
  72         wr.write(line.slice_to(nb + 1));
  73     }
  74 }
  75
  76 fn run<W: Writer>(writer: &mut W) {
  77     let args = os::args();
  78     let n = if os::getenv("RUST_BENCH").is_some() {
  79         25000000
  80     } else if args.len() <= 1u {
  81         1000
  82     } else {
  83         from_str(args[1]).unwrap()
  84     };
  85
  86     let rng = &mut MyRandom::new();
  87     let alu =
  88         "GGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGG\
  89         GAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGA\
  90         CCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAAT\
  91         ACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCA\
  92         GCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGG\
  93         AGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCC\
  94         AGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAA";
  95     let iub = &[('a', 0.27), ('c', 0.12), ('g', 0.12),
  96                 ('t', 0.27), ('B', 0.02), ('D', 0.02),
  97                 ('H', 0.02), ('K', 0.02), ('M', 0.02),
  98                 ('N', 0.02), ('R', 0.02), ('S', 0.02),
  99                 ('V', 0.02), ('W', 0.02), ('Y', 0.02)];
 100     let homosapiens = &[('a', 0.3029549426680),
 101                         ('c', 0.1979883004921),
 102                         ('g', 0.1975473066391),
 103                         ('t', 0.3015094502008)];
 104
 105     make_fasta(writer, ">ONE Homo sapiens alu\n",
 106                alu.as_bytes().iter().cycle().map(|c| *c), n * 2);
 107     make_fasta(writer, ">TWO IUB ambiguity codes\n",
 108                AAGen::new(rng, iub), n * 3);
 109     make_fasta(writer, ">THREE Homo sapiens frequency\n",
 110                AAGen::new(rng, homosapiens), n * 5);
 111
 112     writer.flush();
 113 }
 114
 115 fn main() {
 116     if os::getenv("RUST_BENCH").is_some() {
 117         let mut file = BufferedWriter::new(File::create(&Path::new("./shootout-fasta.data")));
 118         run(&mut file);
 119     } else {
 120         run(&mut io::stdout());
 121     }
 122 }